第三，从地区内部来看，东部地区和中部地区的地区内部省际间不平等状况有所上升；而西部地区内部省际间不平等状况有所下降。从“新机制”“贫困地区义务教育工程”等项目的实施来看，都主要着眼于西部贫困农村地区，这在一定程度上缩小了西部地区内部省际之间财政性经费保障的差异。但事实上，对于中部部分省份和地区，财政性经费的保障状况也并不理想，关注到中部地区的教育经费不平等保障状况也同样重要。
第四，地区内部的差异在这11年之间逐渐成为农村预算内生均教育经费差距的最主要来源。在小学阶段，生均预算内教育经费支出整体不平等状况中来自地区内部的差异贡献率从2000年的72.3%提高到2010年的88.9%，与之相对应，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区之间的差异贡献率则从2000年的26.7%下降到2010年的11.1%。在初中阶段，生均预算内教育经费支出整体不平等状况中来自地区内部差异的贡献率从2000年的69%提高到2010年的84%，与之相对应，生均教育经费支出整体不平等状况中来自地区之间的差异贡献率则从2000年的31%下降到2010年的16%。这反映出，“新机制”针对不同地区采取不同的财政分担机制在一定程度上起到了缩小农村地区间差异的作用。