第一阶段，改革开放初期除法院诉讼、人民调解外，1979年建立的由工商行政管理机关主导的经济合同仲裁制度可以说是现行多元纠纷解决机制的雏形。随后，劳动仲裁、行政调解、商事仲裁、行业调解等陆续发展起来，并尝试实现工商经济合同仲裁和劳动争议仲裁的“一裁两审”，商事仲裁裁决的司法审查制度，人民调解工作的司法指导等。但是，诉讼与诉讼外调解的对接却一直没有任何突破。
第二阶段，直至2001年最高法院与司法部关于人民调解制度达成共识，并于2002年联合发布了《关于审理涉及人民调解协议的民事案件的若干规定》，认可了调解协议的合同效力。2004年，最高法院又通过了《关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》，建立了委托调解协议、和解协议的司法确认制度，即凡是人民法院委托、邀请外部力量调解达成的协议，人民法院可以进行司法确认，经过确认的调解协议具有强制执行效力。
第三阶段，多元纠纷解决机制改革于2004年被纳入《人民法院二五改革纲要（2004—2008）》，规定到2008年，多元纠纷解决机制改革更加深化，由此全国各地法院开展了各种探索。甘肃定西、福建莆田、上海浦东、广东东莞等地作为全国首批改革试点法院，为制定指导全国的改革方案提供地方经验。2008年9月，中央原则上同意最高法院关于此项改革分三步走的改革思路，即第一阶段由最高法院出台诉调对接的规范性意见；第二阶段由中央出台鼓励各种解纷机制发展的政策性文件；第三阶段通过修改和制定相关法律固定改革成果。