从甲申年三四月间雄踞北京、虎视天下的霸业到窜走鄂湘、疲于奔命的窘境，李自成仅仅用了一年时间。到1645年三四月间，李自成在清军的追击以及南明军队和地主武装的袭击下，基本没有还手之力。他试图得到一定程度的休息，然后再图东山再起，但紧跟其后的清军不是他以前熟知的腐败无能的明军，他没法获得这样的机会。
李自成的最后归宿和湖北通山县九宫山的一群农民纠结在了一起。那是1645年五月，此时，已经从北京一路经河北、河南、陕西、湖北、江西再进入湖北的李自成手下还有数万人马，但这数万人马既缺少粮草之类的后勤保障，更缺少当初挥师北上时人人奋进的军心。五月的一天，李自成留下侄儿李过守卫大本营，自带二十余名亲兵到九宫山侦察敌情。不想，就是这次以往目为寻常的侦察使李自成陷入了绝境——他不幸进入了当地农民武装的包围圈。当时，多年来遭受战争之苦的农民们聚众筑堡，以图自保。他们看到李自成人马少，于是出堡攻击。李自成所率人马大多陷于泥淖中，李自成脑部被农民们的锄头击中，当即死亡。农民们剥下李自成的战袍，发现他身上赫然穿着龙袍，还系了一枚金印，再细看尸体，一只眼睛是瞎的——正是传说中的大顺皇帝李自成！