大火扑灭四天后，燕王朱棣正式登基称帝，改年号“永乐”，是为永乐大帝。朱棣登上了皇位，然而绚丽的皇冠上始终有那么一点不完美，那就是皇宫大火扑灭以后，朱允炆的下落成了一个谜，建文四年的那场大火所带来的不仅是新的统治者，也掩盖住了建文帝的结局和行踪，直到现在建文帝的下落都是一个争议问题。
1.建文帝真的死了？
朱棣“认为”如此大的火势之下建文帝应该死了，所以明朝的官方记载中朱允炆确实是死了。《明太宗实录》更是记载得十分详细，说燕王朱棣进城以后，宫里的太监宫女都开始四处逃难，建文朝的大臣们这时候也都不知去向了，建文帝在宫中看到大势已去，虽然还有一些心腹劝他趁着皇宫还没陷落，赶快逃出去再做打算，君子报仇十年不晚，陛下您四叔都四十了，还能活几年，您出去招兵买马再打回应天来，到时候我们还给您做接应。但朱允炆觉得自己百万大军都失败了，哪还能东山再起，就算逃还能逃到哪去，总不能逃到其他藩王那去借兵吧，算了还是去见皇爷爷吧。
建文帝决定去死，但自己就算是死也得轰轰烈烈，所以他在皇宫里放了一把火，想要通过熊熊大火告诉世人朱棣弑君夺位的恶行。侄子虽然不懂事，但是朱棣是知道这个孩子是被奸人蒙蔽的，所以看到皇宫突然起火，知道这孩子要做傻事，于是赶紧派人去救大侄子，顺便救火，并且千叮咛万嘱咐一定要救出他的好侄儿，一如当年朱允炆嘱咐将领不要让他背负杀害叔父的罪名一样，但最终还是晚了一步，救火人员虽然扑灭了大火，但是也从火堆里找到了建文帝的尸体。朱棣得知后，急忙跑过去，抱着建文帝的尸体那是放声痛哭，一边哭还一边说，这傻孩子怎么这么傻呀，四叔还能害你吗？怎么这么想不开啊。但人死不能复生啊，所以哭完以后朱棣就为建文帝发丧，还是用的天子礼仪安葬的建文帝，同时派遣官员作为代表前去陵前祭拜并辍朝三日以表示哀悼，顺便反手就把“建文”的年号抹了。